为何事业单位改革难?主要原因就是事业单位包含的情况太多了，彼此特点区别太大了。我国由于沿袭历史原因，事业单位包含极为广泛，既有基本职能和行政单位类似的参公事业单位，又有自带盈利性质和企业类似的事业单位;既有全额财政供应单位，又有差额单位。
比如说，被许多人误当作每次都是代表党和政府发声的共青团其实属于群团组织，实际上就是按照参公事业单位管理的;许多单位的基层办事大厅或者检验所之类的属于事业单位;高校、医院依然属于事业单位。但是，他们的职能真的类似吗?一般人能在脑子里将他们统一吗?
由于历史原因，这些单位被统一归为事业单位，所以在很长时间内，事业单位的改革都是同步的，这个怎么改，那个也得怎么改。这种不具体情况具体分析的做法客观上导致了事业单位改革的停滞。所以，进入本世纪后，事业单位改革逐渐细化处理。首先是参公事业单位和普通事业单位区别对待，然后是一部分盈利的事业单位向国企靠拢。
高校、医院一直是事业单位改革的一个重大难点，因为二者兼具多种事业单位特点。一方面，他们有自己收入，收入往往还不少;另一方面，他们又不能被推作纯粹的盈利机构;一方面，他们的人员需求越来越灵活;另一方面，其人员构成又应该有一定制度稳定性保证，以便于许多从业人员情绪和心理的稳定及整体的管理。