后来努尔哈赤占领了沈阳，只留下少量兵力驻守沈阳，自己则率领主力部队，准备乘胜攻取辽阳。为了阻止努尔哈赤与内喀尔喀结盟，林丹汗立刻命人带领两千骑兵前往沈阳偷袭，企图抢回促使努尔哈赤与内喀尔喀结盟的关键人物——宰赛。
努尔哈赤
然而蒙古军队却在战况大好之时，因担心努尔哈赤会前来增援，在一无所获的情况下就直接撤退了。非但没有阻止努尔哈赤与内喀尔喀结盟，反而大大降低了林丹汗在蒙古的威望。
明朝的广宁巡抚王化贞非常信赖林丹汗，以为林丹汗真的能召集雄兵40万助他镇守广宁，于是把林丹汗当成了救命稻草，并许下了白银一万两的嘉奖。
熊廷弼
辽东经略熊廷弼知道这件事后，很是反对，他觉得朝廷一味依赖蒙古是饮鸩止渴。想要镇守辽东，还是必须从强化明军自身实力出发，但当时林丹汗许下的谎言实在太美，使得王化贞坚信不移，压根儿没有理会熊廷弼所言。
结果，努尔哈赤大举进攻广宁时，林丹汗只出动了一万军队增援广宁，王化贞一见形势不对，于是就仓皇弃城逃窜，广宁失陷。林丹汗的军队见状，转而守卫山海关，并继续与明朝约定夺回广宁后的赏赐，就在这么你来我往之间，明朝为安抚林丹汗的花费，最终竟高达百万两白银之多！
林丹汗转而守卫山海关
从这件事中，我们不难看出林丹汗的奸诈贪婪，他善于利用花言巧语来蛊惑人心，明廷拿他当成救命稻草，实在是想不败也难啊！
前文提到，林丹汗突然由原本信奉的黄教改为红教，原本尊崇黄教蒙古诸部开始对他阳奉阴违。后来，管理左翼的特命大臣再次因政见不合与林丹汗产生矛盾，因为害怕遭到林丹汗迫害，于是一不做二不休，干脆率领自己手下的三千多户民众，投奔了辽阳城，归顺到了努尔哈赤麾下。
林丹汗因为对努尔哈赤有所忌惮，所以没有出兵前去讨要叛臣。结果，此例一开，跟风者无数，他手下竟然因此出现了率部出走的风潮。短短一年中，他的部众损失近三分之一。蒙古汗国的实力由此再次衰微。
后来，努尔哈赤去世，皇太极继位，他们又几次间接交手，但都没有过正面交锋。林丹汗在这些斗争中始终处于劣势，接连折损了内喀尔喀部与科尔沁部这两个部落，其中内喀尔喀更是土崩瓦解，只剩下巴林和扎鲁特的残部。
皇太极
此时，林丹汗在河套地区已经众叛亲离，再也待不下去了，只能被迫西迁。与此同时，他希望通过此次西迁，兼并右翼诸部，将明朝给右翼的丰厚“市赏”据为己有。结果右翼诸部，在他的驱策攻掠下，也相继归附后金。
此时，皇太极见时机成熟，于是发兵征讨察哈尔，收服了大部分林丹汗故地。林丹汗也被逼无奈选择了远逃青海，企图东山再起，而最终却是客死异乡。
林丹汗的悲剧
纵观林丹汗的一生，从励精图治带来中兴，到狂妄自大、人心背离，再到最后众叛亲离、走入穷途末路，这一路走来，是性格决定了命运，眼光决定了格局。如若他能有努尔哈赤那样的眼光独具的高瞻远瞩、游刃有余的外交手腕、刚柔并济的治下之法，也许，最终辽东的霸主会是他也未可知！