截至2020年7月，玉树藏族自治州辖玉树市、称多县、囊谦县、杂多县、治多县、曲麻莱县六市（县）。州人民政府驻地玉树市。
县级市
1.玉树市
玉树市位于青海省的西南部，地处青藏高原东部，位于玉树藏族自治州最东部，是青海省内藏族分布最集中的地区，面积13462平方千米。
历史上唐蕃古道的重镇，也是青海、四川、西藏交界处的民间贸易集散地，是州府、市府所在地，是玉树州政治、经济、文化的中心。
县
2.杂多县
杂多县隶属于青海省玉树藏族自治州，面积为3.5万平方公里。杂多县有三江源自然保护区、昂赛原始森林、佐青寺等旅游景点。
3.称多县
称多县，隶属于青海省玉树藏族自治州，位于青海省中部，总面积1.53万平方公里。称多县有尕藏寺、色航寺、拉布寺、赛巴寺等旅游景点。
4.治多县
治多县是青海省玉树藏族自治州辖县，位于省境西南部，距省会西宁市921公里，总面积8.02万平方公里。治多县是长江的发源地，素有“中华水塔”之称，水利资源十分丰富，大小河流80余条，水能理论蕴藏量达230.95万千瓦。
5.囊谦县
囊谦县隶属青海省玉树州，总面积12741平方公里。“囊谦”意为“内大相”，是吐蕃时期的职官名称。2019年5月18日，囊谦县入选“2019中国最美县域榜单”。
6.曲麻莱县
曲麻莱县是青海省玉树藏族自治州辖县，位于青海省境西南部、州境北部，面积4.7万平方公里。
著名旅游景点有“黄河源”纪念碑、格萨尔王登基台、藏传佛教寺院、昆仑民族文化旅游度假村，还有昆仑山玉珠峰、玉溪峰、扎陵湖、嘎朵觉沃、广袤草原和通天河风光。