截至2020年7月，博尔塔拉蒙古自治州下辖2个县级市及2个县。州人民政府驻地博乐市青得里大街201号。
县级市
1.博乐市
博乐市，位于新疆维吾尔自治区西北部，是博尔塔拉蒙古自治州首府，新疆生产建设兵团第五师师部所在地，是全州政治、经济、文化的中心，全市行政区域面积7500平方公里。
博乐市是中国西部重要沿边开放城市和第二座亚欧大陆桥的西桥头堡。境内原有国家一类开放口岸——阿拉山口口岸，是融工业、商贸、旅游、房地产开发等行业的国家级边境经济合作区和进出口贸易加工区。
2.阿拉山口市
阿拉山口，隶属于新疆维吾尔自治区博尔塔拉蒙古自治州，依阿拉山口口岸而建，位于阿拉套山与巴尔鲁克山之间，全市总面积1204平方千米。
阿拉山口市是依靠阿拉山口口岸而建的县级市，依靠口岸运输。
县
3.精河县
精河县，隶属于新疆维吾尔自治区博尔塔拉蒙古自治州，位于新疆西部，天山北麓，总面积11280平方公里。县境内有巴音阿门旅游景区、滨河景区、平安敖包景区等风景名胜。
4.温泉县
温泉县隶属于新疆维吾尔自治区博尔塔拉自治州，位于新疆西北部，面积5881平方公里。温泉，系蒙古语“阿日相”的意译，因县多温泉，故名。又名博格达尔，蒙古语，意为"神山的背后"。
