截至2020年7月，克孜勒苏柯尔克孜自治州辖阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县3县，下辖3个街道、39个乡镇（场）。自治州州府是阿图什市，政府驻阿图什市帕米尔路西3院。
县级市
1.阿图什市
阿图什市是新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州的首府，阿图什市，素有"无花果之乡"美称，位于新疆维吾尔自治区西南部，天山南麓，土地面积1.55万平方公里。
县
2.阿克陶县
阿克陶县，隶属于新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州，阿克陶县地处新疆维吾尔自治区西南部，面积24176平方公里，是中国最西端的县级行政区。
3.阿合奇县
阿合奇县，属于新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州下辖县，位于西部天山南脉腹地，全县总面积约1.15万平方千米。
阿合奇县水资源丰富，塔里木河的主要支流托什干河水系纵贯全境，多年平均径流量28亿立方米。
4.乌恰县
乌恰县，位于新疆维吾尔自治区西部，帕米尔北部，总面积2.2万平方公里。境内煤的储量占新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州煤炭储量的一半以上。
