导致肠胃不健康的因素来源广泛，但其共同点是导致肠道菌群失调和胃黏膜受损，所以预防胃肠道疾病的根本，就是调节肠道菌群和保护胃黏膜。
年龄因素
随着年龄增长，人体免疫力下降，胃黏膜抵抗力也下降，就容易出现胃黏膜损伤；另外随着年龄增长，人体肠道有益菌数量会减少，而有害菌数量会增加，从而容易出现肠道菌群失调，引起便秘、腹痛、腹泻等问题。
饮食因素
饮食无规律可导致胃液分泌失常。长期或大量进食辛辣食物，或饮酒、饮浓茶、饮浓咖啡等会刺激胃黏膜，使之充血、水肿、糜烂甚至溃疡。暴饮暴食、粗嚼整咽、进食过热或过冷，可致胃黏膜损伤，引起炎症。长期进食缺乏膳食纤维的食物，可引起肠道蠕动不足，产生便秘、腹胀。长期进食高脂肪、高蛋白，会导致肠道有益菌数量下降，从而出现肠道菌群失调。
精神因素
紧张、焦虑、恐惧等精神因素，可导致胃酸和胃蛋白酶分泌过多，同时胃黏液保护层变得稀薄，易发生消化性溃疡。
精神抑郁或过分激动，可引起肠蠕动减弱，肠液分泌减少，易发生便秘。
其他因素
一些消化性疾病，如溃疡性结肠炎、慢性萎缩性胃炎，其病人都具有明显的家族史，发病率是一般人的2～5倍。另外一些因素，如体质、免疫等生理或疾病因素也会导致肠道菌群失调。胃酸分泌减少、肠蠕动减慢、肠液分泌减少也会引起肠道菌群紊乱。