应该说，刘裕发家就是平定东晋“五斗米教”。“五斗米教”给东晋造成了极大经济破坏，而且多次聚众谋反，刘裕先后镇压孙恩、卢循两次造反。可谓对此立功至伟。
在当时，东晋的一些豪门贵族信奉张道陵传下来的五斗米教。随着时间的推移，逐渐发展为社会不安定因素。虽经朝廷数次镇压都没有彻底铲除。
东晋隆安三年（399年）底，五斗米教教徒骨干孙恩，鼓动流民与教徒造反，攻克上虞县，再克会稽，诛杀王凝之及其诸子。就连谢安的两个儿子谢冲、谢邈都被杀掉了，建康震动。由于孙恩深知东晋腐败无能，天下怨之，故以宗教鼓动造反。孙恩造反之所以如此容易，就是因为教徒遍及社会各个阶层，信邪教的中下级官员在东晋州城府县更是多如牛毛。一旦起事就如黄河之水滚滚而来。顺流而下，势不可挡。孙恩以宗教首领的身份在会稽自称征东将军，所过之处的官员一律宰杀分尸，不服从之百姓全家族灭。东晋立即任命刘牢之为主帅，与谢安之子谢炎带兵平叛。这一平叛，引出南北朝最后一位大英豪，就是刘裕。
刘裕
刘裕寒族出身，由于军卒数量不足，刘牢之四处征兵，刘裕有人命在身，只好加入军队，躲避追捕。在一次外出巡逻的时候，刘裕遇见贼兵数千人。刘裕地痞出身，也不怕死，带着几百人杀进贼群，大开杀戒。几经厮杀，最终贼军害怕大败而逃。这一幕被刘牢之的儿子刘敬宣看个一清二楚，大为惊奇，刘寄奴一战成名。后来孙恩的部队被杀得尸横遍野，自己则带着部分教众逃亡海外，这是刘裕第一次镇压暴乱，只不过当时名声不显。五斗米教”在东晋的根基很深，孙恩死后。卢循与徐道覆成为教主，首领卢循和徐道覆趁刘裕平定燕国之际，带领部众杀奔建康，东晋朝廷震动。
卢循，字于先，也算是官宦之后，文人出身。但娶了孙恩的妹妹为妻。孙恩死后，卢循继任成为邪教头子。带着残兵败将逃窜到广州，朝廷不愿意多生是非，加封卢循为广州刺史，当时的广州是不毛之地，朝廷想让卢循自生自灭就算了。但刘裕发兵南燕的消息传出以后，卢循的姐夫徐道覆认为机会来了，他亲自到广州说服卢循道：“朝廷恒以君为腹心之疾，刘公未有旋日，不乘此机而保一日之安，若平齐之后，刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复君之神武，必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，刘裕虽还，无能为也。君若不同，便当率始兴之众直指寻阳。”“循甚不乐此举，无以夺其计，乃从之。”
于是二人立即开始筹备，徐道覆率先发兵占领南康，直逼豫章，东晋镇南将军何无忌在豫章驻守。何无忌得知叛军到来，立即带领水军迎敌，但由于指挥失误，风向突变，战船被大风刮到敌军阵营。导致何无忌全军覆没，何无忌被叛军分尸。那边的卢循也是连战连捷，相继占领岳阳、长沙。接到各地告急的朝廷大惊失色，立即传讯给正在返回途中的刘裕。刘裕得知以后急速返回建康，刚刚到达山阳，就看见逃跑的平民和逃兵无数。这才知道何无忌战死。刘裕立即安抚平民，收拢残兵，而平民和逃兵知道刘裕回来以后，平民马上就稳定下来了。
司马德宗
徐道覆得知刘毅发兵建康对卢循道：刘毅志大才疏，无能之辈，你我二人联手必败之，徐卢二人颇会用兵，叛军一个个斗志昂扬，在九江一场大战，把刘毅杀得大败而归。朝廷得知刘毅败北，吓得惶惶不可终日，建康守军不到一万，而且战斗力极差，刘裕虽然在建康，但大军还没有赶到。大臣孟昶劝说安帝临时撤出建康，刘裕坚决反对。言道，如果此时陛下离开建康，东晋立即土崩瓦解，必须坚守，等到待主力部队到来。东晋朝廷采纳了刘裕的意见，孟昶一时气不过，居然服毒自杀。
就在刘裕积极守卫建康的时候，徐道覆和卢循的战略思维发生分歧，徐道覆希望立即攻城，不给东晋和刘裕喘息的机会。而卢循则希望围点打援。长期围困，到时候建康人心必乱，建康城唾手可得。徐道覆哀叹，此战必败已。但等了一段时间，建康很稳定，没有混乱的迹象。卢循这才后悔，开始全力攻城，但时机已经错过。长江水位暴涨，久攻不克，卢徐转攻京口也不克。这时候各地勤王兵马已到，荆州刺史刘道贵在江陵把徐道覆杀的大败，东晋将军孙处带兵杀本奔卢循老巢。而徐卢得知老巢危险，回兵救援，这样一来，正中刘裕下怀。在大雷布下天罗地网，等着徐卢二人的到来，徐卢二人坐着战船和带领数万大军顺江而下的时候，刘裕用小船撞击敌军大船，然后放火焚烧。顿时之间烈焰冲天，光淹死的叛军就数万。为避免全军覆没，徐道覆与卢循分兵逃跑。
义熙七年(411年)，东晋将军刘藩攻取始兴，斩杀徐道覆。再说卢循，经过东晋数次追击，卢循最后都跑到了交州，交州刺史杜慧度紧紧追赶卢循，“循势屈，知不免，先鸩妻子十余人，又召妓妾问曰：‘我今将自杀，谁能同者？’多云：‘雀鼠贪生，就死实人情所难。’有云：‘官尚当死，某岂愿生！’于是悉鸩诸辞死者，因自投于水。慧度取其尸斩之，及其父嘏；同党尽获，传首京都。”至此，折腾东晋快二十年的五斗米教被彻底铲除，这个邪教组织消失了，而此时的东晋豪门大族，也被折腾得差不多了，桓温家族，谢安家族，庾亮家族，王敦家族等等江东原有的大族现在几乎族灭。这次些豪门的覆没，也为新的豪门崛起提供了机会，也为以后刘裕登基扫除了障碍。
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