阿尔及利亚是法国在非洲殖民统治的开始，投入最多，是法国最重要的殖民地。但法国人花了一百多年的时间也没能同化本地的穆斯林。
殖民政府对穆斯林的歧视态度引起当地人要求政治改革、获得更多权利的呼声，而法国移民（总数有一百多万）则反对一切让当地人拥有更多政治权力的改革，理由是不必要或太危险。殖民政府曾经打算回应本地人的改革呼吁，例如扩大阿尔及利亚在财政和行政方面的自主权，废除现行的“二元选举团”制度（阿尔及利亚议会五分之三的席位由法国移民选出，剩下的归穆斯林），使穆斯林与移民有平等的选举权利，因为法国移民的强烈反对而告吹。
于是，武装斗争不可避免地发生了。
1954年11月1日，争取阿尔及利亚独立的“民族解放阵线”开始武装反抗法国人的统治，其武装力量称为“民族解放军”，开始时仅数百名武装人员，到1957年已发展为一支近4万人的武装部队。 民族解放阵线采取打了就跑的游击战术，他们也发动一些绑架事件，对象包括法军、警察、法国移民、怀疑通敌者或叛徒，后来更扩大至政府雇员甚至是一些不肯跟他们合作的农民。
最初，独立武装的领导者主要是穆斯林激进派，骨干是参加过二战的阿裔法军士兵（他们为自己流血牺牲却得不到一份工作而愤愤不平），根据地设在沿地中海的大卡利比山区和靠近突尼斯边境的奥雷斯山区。 人数不多，装备落后，只能发动针对警察的小规模袭击，看起来一副很好欺负的样子。
但法军对独立者的轻视（法国移民起到了推波助澜的作用）让游击战扩大化和长期化了。驻阿法军总司令拉乌尔·萨朗上将发展了包括大规模动用酷刑在内的反游击战战术，他拒绝承认阿民族解放军俘虏为战俘，宣称“恐怖分子”不适用《日内瓦公约》。法军被允许对俘虏动用酷刑，以获取有关游击队的情报。法军指挥官们认为，让阿尔及利亚人感到恐惧是平息叛乱的一剂良药，通过制造恐慌让他们学会顺从。
法军会强迫被关押的囚徒像古罗马角斗士一样互相殴斗，甚至还强迫他们观看亲人受刑或遭法军强暴。法军还有一种名叫“接电话”的酷刑，所谓“接电话”其实就是反复抽打受害者的耳部。阿女性所遭受的屈辱更甚，法军强迫她们吞食自己的排泄物，电击乳房和私处，施暴者还对女性的敏感部位大小或形状品头论足。
法军士兵公然在大街上调戏当地人妇女
独立者也以牙还牙。在首都阿尔及尔，阿尔及利亚独立者用一种严密的组织方式开展着针对法国人（包括平民）和穆斯林温和派的暗杀行动，每一个人只有一个上司和他发展的两个下线，这样，一旦某个人出了问题，整个组织却不会被根除。行动者会得到不认识的人悄悄塞过来的一支手枪或是一个炸弹，目标是某个落单的法国警察或法国人聚集的酒馆。
这个被法国人称为“无限增长的虫子”的组织让阿尔及尔陷入恐怖之中，却根本找不到凶手。因为他们就是那些缠着头巾的女人，他们就是那些懵懂的孩子，他们就是那些本分的果农，他们都是，但他们又都不是，他们拿起枪就是战士，放下枪就是平民。据称独立者一共杀死了4500名法国移民和36000-50000名穆斯林温和派。
于是法国人变本加厉地还击。第十空降师师长雅克·马絮少将被授予军事统治阿尔及尔全权，部队指挥官收到命令，可以使用包括酷刑和随意处决在内的必要手段摧毁民族解放阵线。
马絮对阿尔及尔实施分区占领，每个团负责扫荡一个区，挨家挨户搜查清除隐藏的游击队。在分区扫荡中，法军的暴行变得制度化，殴打、电击、水刑、性侵犯和强奸很普遍。法军将数以百计的嫌疑人从直升机扔下投入大海，有时尸体会浮上海面，由于担心屠杀暴行为外界所知，此后法军常常会在这种行动前往受害者脚上浇注水泥，使他们永沉大海。经过九个月的残酷作战，独立组织的领导人、战斗员、后勤人员几乎无一例外或杀或擒，在阿尔及尔的活动被迫全面终止。
雅克·马絮
受害者不仅限于阿穆斯林，同情阿民族解放阵线的法国人也成了打击对象。在大学当助教的奥丹被法军以涉嫌窝藏和协助阿民族解放阵线叛乱分子为由逮捕，之后就消失了，他被认为被拷打致死或被草率处决。遭受过法军酷刑的亨利·阿莱格出版了回忆录，揭露法军使用电刑、剥夺睡眠和能使人吐露实情的麻醉药等对付嫌疑人，还活埋和斩首。
在严刑拷问之后，大部分嫌疑犯会被押解至奥塞雷斯设立的“集中营”，“危险分子”遭到机枪扫射，连招供的人也不放过，因为他们“已经没有价值了”。法国随军牧师经常告诉官兵们可以心安理得地实施酷刑，其中一名随军牧师路易斯·德拉鲁声称“特殊情况需要采取特殊措施”。
为了对付独立者的乡村游击队，1958年4月之后。法国军队将两百万人迁出山区，剥夺了游击队赖以存在的社会土壤，到1958年为止，又成功以铁丝网+地雷区封锁了阿尔及利亚与突尼斯、摩洛哥的边境，基本切断了独立者获得外部援助的渠道。
但是随着战争的日益延长、残酷（虽然成功），法国人也越来越意识到，将来要重建阿尔及利亚，收拾民心士气，将付出极大代价。也许要从法国本土转移大量的资源，可能会拉低法国本土的生活标准。阿尔及利亚战争使法国投入了大量的军事力量，每年要花费7千多亿法郎，从1955至1959年耗资达83亿美元，大量的国家军事订货，使法国经济表现出这样一种不正常的趋势：一方面是工业生产指数继续上升;另一方面是财政赤字增大，外汇储备减少，物价飞涨，法郎贬值。广大人民群众对第四共和国的失望和不满情绪日益加剧。大规模的罢工，要求停止阿尔及利亚战争的群众集会和游行示威时常发生。
法军装甲车在乡村巡逻
同时，担心军队法西斯化压倒了政治家们对阿尔及利亚的眷恋。
法国军方把每一个阿尔及利亚人和同情他们的法裔都看成是潜在的罪犯，决定依靠暴力和恐惧来统治。这种做法不仅被用在了阿尔及利亚，而且也蔓延到法国本土（当时有很多阿尔及利亚人到法国打工和居住，里面不乏独立支持者）。军方对巴黎的共和国政府也越来越不耐烦。许多军人开始质疑民主政府的可靠性，他们联想起二战期间政府对军队的“出卖”，也联想起越南战争中政府的“软弱”，认为民主体制根本无法应付“革命战争”这种非常事件。
这让法国的政治精英阶层非常担心：“在阿尔及利亚的法西斯主义倾向不可能同法国的民主实践并存……只要法国还在拒绝阿尔及利亚人民的愿望，那么阿尔及利亚战争就会延续下去。而只要战争延续下去，阿尔及利亚的形势就会持续不断的滋长法西斯主义……法西斯主义会不可避免地扩散到整个军队中去。”
1958年5月13日，阿尔及尔的法国移民冲击了总督府大楼，阿尔及利亚的法国军队一开始坐视不理，随后马絮将军出面，组织了一个公安委员会（这让不少法国人想起了雅各宾派和罗伯斯·庇尔的恐怖统治）。随后法国本土的民族主义者开始在巴黎示威游行，共和国政府的首脑们悲哀地发现自己再也无法指挥军队和警察。5月24日，科西嘉岛的伞兵出动，夺取政权，建立了本地的公安委员会。
戴高乐接见雅克·马絮
萨朗将军和马絮将军制定了一个“复活作战计划”：从阿尔及尔和法国西南部城市图卢兹起飞的伞兵与驻扎在巴黎城外的装甲部队合作，一起进入巴黎，占领国民议会，推翻共和国政府。共和国政府束手无策，只能请来了蛰居的戴高乐，请他重新执政，收拾残局。
戴高乐一开始与政变军人虚与委蛇，上台之后，法国在阿尔及利亚的军事行动并没有收手，但他用明升暗降的方式将叛变的高级军官调到中央高高挂起，又把约1500名军官从阿尔及利亚或调走或强迫退休。1961年4月18日，在阿尔及利亚的法国高级将领——萨朗同另外三名将军泽勒、夏尔和儒奥举起叛旗。戴高乐发表广播讲话，恳求道：“法国的女人和男人们，请帮助我。”结果到了4月27日，由于法军中的普通军官和士兵响应了戴高乐的号召，也由于叛军缺乏相应的决心，这次政变失败了。
1962年3月18日，认清形势的戴高乐政府与阿临时政府签署《埃维昂协议》，在阿全境结束军事行动，法国承认阿人民有权行使自决权成立一个独立主权国家。7月，阿尔及利亚举行自决公投后宣布正式独立。为了安抚军心，同年，戴高乐总统颁布大赦令，对阿尔及利亚战争期间所犯下的暴行不予追究，连奥丹遇害也不立案。
所以，法国让阿尔及利亚独立，不是因为军事上的失败，而是出于对军队的恐惧。法国人不愿意失去阿尔及利亚，但他们更不愿意失去法国。
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