从秦始皇起，历朝历代皆视北方边防为重中之重，视北方草原民族为帝国边疆头等大患。明朝重修万里长城，设置九边重镇数十万大军以御蒙古。而清朝入关后，不再修筑长城，只因他们有更为奏效的三大绝招，将蒙古各部治理得服服帖帖。
从秦始皇起，历朝历代皆视北方边防为重中之重，视北方草原民族为帝国边疆头等大患。明朝重修万里长城，设置九边重镇数十万大军以御蒙古。而清朝入关后，不再修筑长城，只因他们有更为奏效的三大绝招，将蒙古各部治理得服服帖帖。
清朝灭亡不过数年，冯玉祥将军北行外蒙古，在许多主张蒙古脱离中国的当地人交谈，在游记中引述了他们许多言论：
【谈到人口，蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，今已减少至五十万人。满清利用喇嘛教以统治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛，兄弟五人者，四人须当喇嘛。仅有一人可为娶妻生子的平民。当喇嘛者有红黄缎子穿，又可坐享优厚的俸禄。女子没有充当喇嘛的福气，但又难找得相当的配偶，于是都做了内地人泄欲的对象。因为由本部内地来的文武官吏及军队、商人，都以道远不能携带家眷，他们都可以在这里找到临时太太。
一方面是七八个蒙古男子仅有一个妻子，一方面是一个蒙古女子，有若干的内地人为她的临时丈夫，事实上形成一个乱交的社会。同时男女卫生都不讲究，染上淋病、梅毒以后，惟有听其自然。当时活佛即患梅毒，烂塌了鼻子。
据说目前检查结果，蒙古青年十七岁至二十五岁者百分之八十五都患有花柳病;二十五岁以上者，所占百分比自然更大了。这种现象是太可怕了，若任其继续存在，马上就会有灭绝种族的危险！
那次和蒙古国民党的朋友谈及这个问题，他们把这一点也作为他们脱离中国而独立的理由。他们说：‘你看，中国政府就这样防制我们，使我们即要灭种，使我们民族无法生存，你看我们怎么还能和你们在一起？’】 ——冯玉祥《外蒙古行记》
清末蒙古王公
这些言论的目的，当然是为外蒙古离开中国独立寻找理由的，因此必然有夸大其辞之处。比如说明末在满清统治前的蒙古本有“1200万”人口，根据当时的史料和地理环境，显然是绝无可能的；又比如说「满清规定凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛，兄弟五人者，四人须当喇嘛」云云，同样也找不到满清的相应法规条例。
至于后来一些讨厌清朝的人拿这段言论进一步夸大，甚至将几百年前女真金国对蒙古草原的定期“减丁”，也张冠李戴到满清头上，那更是以讹传讹了。
当然，在满清治下，蒙古草原性病泛滥，几近种族灭绝，确系真实事实。
满清一朝对蒙古，有所谓三大国策：“南不封王,北不断亲”，“分封以制其力”，“崇释以制其生”。
一方面笼络利用蒙古贵族，不断派遣宗室女子和亲，甚至包括皇帝亲生公主在内，以所谓满蒙联盟共同压制汉人，这就是“南不封王,北不断亲”；
清末满清和亲宗室女，和蒙古贵族女性合照
另一方面以盟旗制度严加限制，这就是“分封以制其力”。
满清分内蒙古为四十九旗，外蒙古为八十六旗，严禁牧民越过本旗游牧，否则直接处罚该旗王公。
【外藩蒙古不得越旗畋猎。越境游牧者：王罚马十匹；贝勒、贝子、公罚马七匹；台吉罚马五匹；庶罚牛一头。】——康熙《大清会典》
满清康熙帝：玄烨
因为既不能越界游牧，又不可能南下侵掠抢劫，所以清时蒙古对天灾的抵御能力，竟为历朝草原民族最弱，一遇灾荒只能活活等死。
更关键的是俄罗斯帝国控制南西伯利亚后，不但阻截了草原部族北上迁徙躲避天灾的可能，同时再也没有源源不断的游牧民南下进入蒙古草原，作为新鲜血液补充，造成了草原人口大幅度减少。
此外，满清更大力弘扬喇嘛黄教，对喇嘛给予种种优待，即“崇释以制其生”；同时禁止蒙古人接触先进汉文化，包括蒙古王公在内，也不允许聘请汉人书吏学习汉语汉文，收藏汉文书籍，以此愚民政策来稳定自己统治。
喇嘛教中的黄教是禁止娶妻的，大量蒙古男子因为生活困苦，冲着清廷对喇嘛的优待而出家，变成了不事生产的纯寄生人口，自然就不能再和蒙古女子组成正常稳定的家庭，更摧残了草原的生产力；
而这些女子为维持生计，大都做了去蒙地行商的汉族商人之情妇或说外室；同时喇嘛们从活佛以下，对戒律也并不谨守，因此导致了不正当性行为在草原普遍流行。
大航海时代来临后，西班牙人将梅毒从新大陆带来，向全球扩散；这一明朝以前不曾有过的可怕疾病，也因此在卫生环境不佳的草原泛滥开来。而梅毒是可以通过母婴直接传染的“胎毒”，就更加严重影响了人口增长。
建国后有个统计数据，1950年在内蒙牧区成立性病防治所时，牧区性病患病率高达59％，或者说五个人中就有三个患病；人民政府花了十五年时间，1965年将其降低到0.5～2.4％，1977年复查时未再发现新患及先天梅毒儿，历时二十余年，始将其杜绝。
换言之，若非新中国的社会改革和性病救治，而任由喇嘛教愚民统治下去，恐怕不出30年，50年，则清末只剩区区五十万人口的蒙古民族，恐怕真的要亡族灭种了。
对反叛的蒙古部族，满清更毫不客气严厉镇压，而且大量派遣亲附清廷的蒙古部族与之对战，也变相起到了“减丁”效果。
满清对蒙古可以称得上“部族灭绝”的行径，便是屠灭准噶尔部。