1、副作用
有些恶魔果实可能没有，但很多的恶魔果实还是存在着让人难以忍受的副作用。比如麦哲伦的毒毒果实，每天都在不停的上厕所；桃之助的龙形果实，一旦受到惊吓就会变成龙，没有能力而且飞不高；砂糖的童趣果实，虽然威力BUG，但食用后身体便停止生长，无论你有多少野心，但你这辈子可能就是个孩子了。
2、果实相克
比如赤犬曾经说过，艾斯只是单纯的火，而赤犬是能让火都燃烧的岩浆，赤犬注定是艾斯的克星；再比如艾尼路的响雷果实，对于绝缘的橡胶果实完全无用。倘若强者们吃了一个顶级的果实还好，但如果吃了一个注定被克制的果实，确实不如不吃。
3、弱点明显
我们都知道的这么几个弱点，是所有能力者都害怕的：1、海水 2、海楼石 。而且一辈子注定无法游泳，吃了恶魔果实之后，永远不能像雷利一样不能从一个岛游到另一个岛。
4、难以控制和修炼
比如艾斯食用烧烧果实之后，很长时间难以控制体内的能量，给小奥兹编草帽的时候就经常把草帽烧坏；在路飞小的时候修炼能力之时，也经常因为无法掌握橡胶果实的能力而在收回橡胶枪时将自己反击。
5、果实的不确定性
目前海贼王中已知看过恶魔果实图鉴的人有两个，山治和黑胡子。山治最想要的是透明果实，黑胡子最想要的是暗暗果实，两人自然也就根据其果实长相寻找果实。但对于从未见过果实图鉴的人来说，同时给他两颗恶魔果实，一颗是震震果实、一颗是悄悄话果实（能够聆听小动物说话的那个），要么能够毁天灭地，要么不但完全没有用反而变成旱鸭子。
6、霸气
根据目前剧情的发展，我们早已知道克制自然系能力者的方式，而且在海贼王世界中，恶魔果实的能力早已不是主流，更主要的是体术，果实只起一个辅助作用。比如如今再香克斯或者雷利面前，能力者的能力似乎没有一点作用，对于他们这种体术超强、霸气超硬的人来说，恶魔果实不过是个小孩子的玩具罢了。